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Jeremiah hat einen perfiden Plan: Er will den Tod von Bruce' Eltern nachstellen - mit Lee und Gordon in den Opferrollen. Tetch unterstützt Jeremiah und bereitet einen Giftgasanschlag auf Gotham vor. Pinguin beschließt derweil mit Barbara, Selina und Nygma die Flucht aus der Stadt auf ganz besonderem Wege.

Gordon muss mittlerweile nicht nur gegen die Kriminellen in Gotham kämpfen, sondern auch gegen Eduardo und dessen Team. Diese sind nämlich nicht die langersehnte Hilfe von außen, sondern kaltblütige Killer. Fox hat Nygma derweil von dem Chip in seinem Kopf befreit. Doch Walker hat noch weiteren Personen einen solchen Chip eingepflanzt, der sie die Kontrolle über ihr Bewusstsein verlieren lässt.

Gordons Ruf nach Unterstützung wird endlich erhört, denn ein Delta-Forces-Team taucht auf und bietet, unter der Leitung von Gordons Bekanntem Eduardo, seine Hilfe an. Als sich herausstellt, dass Nygma der Käufer des Raketenwerfers ist, macht die Crew Jagd auf ihn. Zeitgleich arbeitet Nygma daran, sich endlich erinnern zu können. Er hat Gedächtnislücken - trotzdem kann er nicht glauben, dass er für den Sprengstoffanschlag verantwortlich sein soll.

Kaum ist eine Katastrophe überwunden, kämpft Gordon bereits mit der nächsten: Haven fällt einem Sprengstoffanschlag zum Opfer. Es sterben viele Unschuldige, andere werden verletzt oder noch vermisst. Gordon fordert erneut Unterstützung an, wird aber wieder nur vertröstet. Zunächst muss er jedoch den Attentäter aufspüren - das gestaltet sich allerdings schwierig, denn der Hauptverdächtige erhält plötzlich ein Alibi.

Haven wird von Hilfebedürftigen, aber auch von Kriminellen überflutet - und die Polizei wird der Lage kaum noch Herr. Es fehlt an Verteidigungsmöglichkeiten und Vorräten. Als sich die einzelnen Gangs verbünden, um die Macht an sich zu reißen, sieht sich auch Gordon gezwungen, eine ungewöhnliche Allianz einzugehen: Er kooperiert mit Pinguin, der von seinen Verbrecherkameraden verraten wurde.

Ein kleiner Junge kommt völlig entkräftet bei Gordon an. Er ist vor den sogenannten Wahrsagern geflohen und bittet die Polizei um Hilfe, weil sich noch weitere Kinder in Gefangenschaft befinden. Die Rettungsaktion wird allerdings dadurch erschwert, dass Pinguin ein Kopfgeld auf Gordon ausgesetzt hat, das jeder noch so kleine Ganove gerne einstreichen möchte.

Ein kleiner Junge kommt völlig entkräftet bei Gordon an. Er ist vor den sogenannten Wahrsagern geflohen und bittet die Polizei um Hilfe, weil sich noch weitere Kinder in Gefangenschaft befinden. Die Rettungsaktion wird allerdings dadurch erschwert, dass Pinguin ein Kopfgeld auf Gordon ausgesetzt hat, das jeder noch so kleine Ganove gerne einstreichen möchte.

Die Verbrecher Gothams nutzen die Notlage der Stadt, um die Macht an sich zu reißen. Komplett abgeschnitten von der Außenwelt, kämpfen die Bewohner ums Überleben. Ohne Hilfe vom Festland werden die Nahrungsreserven bald aufgebraucht sein. Bruce und Gordon müssen schnell handeln, um eine Katastrophe abzuwenden.

Selina wird schwer verletzt in Begleitung von Bruce ins Krankenhaus gebracht. Derweil hält die Polizei Jeremiah gefangen, der ein Gespräch mit Bruce fordert. Anderenfalls droht er mit weiteren Bombenexplosionen in der ganzen Stadt. Indes unterstützen Tabitha und Oswald Butch dabei, sich wieder in einen Menschen zu verwandeln. Ed ist dagegen eifersüchtig auf Gordon und entführt ihn, um ihn als vermeintlichen Konkurrenten um Lees Herz loszuwerden.

Jeremiah übernimmt Jeromes Armee und plant, eine neue Stadt zu errichten. Dazu will er alle Gebäude Gothams mithilfe von Bomben zerstören. Er gibt Bullock sechs Stunden Zeit, die Bewohner der Stadt zu evakuieren. Um auch Bruce zu manipulieren, bringt Jeremiah Alfred als Lockvogel in seine Gewalt und schießt auf Selina. Während Gordon der Explosion im Bunker entkommt, überzeugt Lee Nygma, ihn bei der Entschärfung der Bomben zu unterstützen.

Jeromes Anhänger graben die Leiche ihres Anführers auf dem Friedhof aus, nachdem eine mysteriöse Unbekannte ihnen diesen Auftrag in Jeromes Namen erteilt hat. Bullock will derweil Gordon überreden, Thompkins freizulassen - dieser ist jedoch angesichts der von ihr verübten Banküberfälle anderer Meinung. Also beschließt der Riddler, Thomkins zu retten. Gordon erhält eine Videokassette mit Jeromes letztem Willen, der absolutes Chaos auslöst.